Bu yöntem ile de bir şey değişmedi.
Aşağıdaki ekran görüntüsüne bakarsanız:

Sağ tarafta özellikler altındaki Karakter alanında bulunan, altı çizili a harfinin yanındaki oka basınca ve çıkan menüdeki Daha fazla Seçenek tuşuna basınca bu öndeki Karakter balıklı pencere çıkıyor.
Bu pencerede bulunan Yazı Tipi Efekti sekmesinin alt kısımlarında bulunan Altı çizili/Tek ve Alt Çizgi rengi /Beyaz tercihleri benim yaşadığım sorunun kaynağını oluşturmakta.
Altı çizili bir kelimeyi seçip bu şekilde tek tek değiştirmem mümkün. Ancak bir kelimeyi seçmeden, direk bu pencereyi çıkarttığımda o Altı çizili ve Altçizgi rengi kısımları pasif oluyor.
Yani anladığım kadarıyla varsayılan ayarlar ile ilgili bir durum var. Ama Araçlar/Seçenekler içinde buna müdahale edebielceğim bir yer bulamadım.
Şimdi bir de şu resme bakın lütfen:

Burada göreceğinzi gibi bir kelime gurubu seçilmiş. Bu kelilmelerin yazıtipi için program arayüzünün sol üst tarafında Arila ve 44 pt yazarken, sağ tarafta Liberation Sans ve 44 pt yazmakta. Yani program bir yerde bu kelimeler için Arial derken bir başka yerde Liberation Sans demekte. Bu durum dün hazırladığım bu dosyayı kullandığım sürümde yoktu, bugün PPA deposundakini kurunca oldu. Bilmiyorum, soruna dair belki bir fikir verir diye belirtmek istedim.
Not: Tek tek seçip siyah yapmak yerine en üstteki Otomatik tercihini seçince, altı çizgili siyah yapıyor. Kaydedip kapatıp açınca yine beyaz olarak açıyor. Rengi Otomatik yerine siyah olarak seçip kaydedip kapatıp açınca siyah olarak kalıyor. Bir şekilde otomatik ayarı beyaz olmuş anlaşılan.